This directory contains versions of the cell simulation for testing of the  
cell model that is described in README.  
 
The files are:  
 
traub94cell.g - the main script, using a pulsegen  
traub94cell1.g - a version for G3 testing without the pulsegen  
traub94cell1-gr.g - interactive mode with batch=0, graphics=1.  
graphics.g - graphics functions to be included if graphics flag is set  
graphics1.g - graphics functions to be used without the pulsgen  
protodefs.g - creates prototype channels and elements in /library  
traub94chans.g - function defs to create the channels, included by protodefs  
traub94.p - cell parameter file with 64 asymmetric compartments  
traub94-default_Vm.out - soma Vm using default simulation parameters  
 
traub94cell.notes - notes taken while developing and testing the scripts  
 
The default version of the script uses the flags:  
 
int batch = 1 // if (batch) run simulation with default injcurrent, tmax  
int graphics = 0     // display control panel, graphs  
int file_out = 1     // write output to a file  
int hflag = 1    // GENESIS 2 - use hsolve if hflag = 1  
int chanmode = 3 // hsolve mode for GENESIS 2  
 
int debug = 0 // flag to echo additional debugging info to console  
If this is set to 1, it tries to examine fields of the K_C_int tables,  
and produces errors under G3.  
 
The result of running the script traub94cell1.g under GENESIS version 2.2  
is in the file traub94-default_Vm.out.  
 
These are results obtained by running the script under genesis-g3 with  
"sli_run":  
 
See traub94cell.notes and the image traub94_g3-g2.png  
 
There are warnings about Tabchannel parameter xmax has already been set,  
and the results for G3 are clearly wrong.