//genesis - Purkinje cell version M9 genesis2.1 master script  
/* Copyright E. De Schutter (Caltech and BBF-UIA) */  
 
/* This script simulates a Purkinje cell in vitro, receiving a climbing  
**  fiber input  
** It also demonstrates how to output [Ca] and Ik values  */  
 
/* Reference:  
** E. De Schutter and J.M. Bower: An active membrane model of the  
** cerebellar Purkinje cell: II. Simulation of synaptic responses.  
** Journal of Neurophysiology  71: 401-419 (1994).  
** http://www.bbf.uia.ac.be/TNB/TNB_pub7.html  
** We reconstruct parts of Fig. 4 of this paper.  
** See http://www.bbf.uia.ac.be/models/PM9.shtml for general model info.  
*/  
 
randseed  
float phertz = 25  
float ihertz = 1  
float delay = 0.00020 /* sets speed of climbing fiber volley */  
 
str filename = "results/PurkM9_CS"  
echo file {filename}  
int i  
include defaults  
cellpath="/Purkinje"  
str hstr  
 
/*********************************************************************  
** Active membrane lumped Purkinje cell model script  (#2M9)  
** E. De Schutter, Caltech 1991-1993  
** Uses the scripts: Purk_chan, Purk_cicomp, Purk_const, Purk_syn  
*********************************************************************/  
/* Purkinje cell constants */  
include Purk_const.g  
 
/* special scripts  to create the prototypes */  
include Purk_chan  
include Purk_cicomp  
include Purk_syn  
 
/* To ensure that all subsequent elements are made in the library */  
ce /library  
 
/* These make the prototypes of channels and compartments that can be  
**  invoked in .p files */  
make_Purkinje_chans  
make_Purkinje_syns  
make_Purkinje_comps  
 
/* create the model and set up the run cell mode */  
// read cell date from .p file and make hsolve element  
readcell tests/scripts/PurkM9_model/Purk2M9.p {cellpath} -hsolve  
 
/* make climbing fiber presynaptic elements */  
create neutral {cellpath}/climb_presyn1  
disable {cellpath}/climb_presyn1  
setfield {cellpath}/climb_presyn1 z 0  
//addmsg {cellpath}/climb_presyn1 {cellpath}/main[0-2]/climb ACTIVATION z  
addmsg {cellpath}/climb_presyn1 {cellpath}/main[0]/climb ACTIVATION z  
. . .  
addmsg {cellpath}/climb_presyn5 {cellpath}/br3[16]/climb ACTIVATION z  
 
/* Set the clocks */  
for (i = 0; i <= 8; i = i  1)  
    setclock {i} {dt}  
end  
setclock 9 1.0e-4  
 
/* Create the output element */  
create asc_file /output/plot_out  
useclock /output/plot_out 9  
 
// setup the hines solver  
ce {cellpath}  
/* we need chanmode 4 for output of Ik and calcmode 0 for backward  
** compatibility (this version M9 of the Purkinje cell model only!)  
*/  
setfield comptmode 1 chanmode 4  calcmode 0  
call . SETUP  
setmethod 11  
 
/* Initialize output */  
/* Output voltage as in Fig. 4 */  
hstr={findsolvefield {cellpath} {cellpath}/soma Vm}  
addmsg {cellpath} /output/plot_out SAVE {hstr}  
. . .  
/* Output [Ca] as in Fig. 4D */  
hstr={findsolvefield {cellpath} {cellpath}/b3s44[20]/Ca_pool Ca}  
addmsg {cellpath} /output/plot_out SAVE {hstr}  
/* Output currents as in Fig. 4D: requires chanmode 4 */  
// hstr={findsolvefield {cellpath} {cellpath}/b3s44[20]/CaP Ik}  
// addmsg {cellpath} /output/plot_out SAVE {hstr}  
. . .  
// setfield /output/plot_out filename {filename} initialize 1 append 1 leave_open 1  
setfield /output/plot_out filename {filename} leave_open 1  
 
reset  
 
step 0.2 -time  
 
/* fire climbing fiber input as an ascending volley */  
setfield {cellpath}/climb_presyn1 z  1  
step 1  
. . .  
setfield {cellpath}/climb_presyn5 z  0  
step {delay} -time  
 
step 0.1 -time  
 
quit